Органы управления:
- Общее собрание работников
- Педагогический совет
- Совет Родителей
- Совет Обучающихся
Непосредственное управление образовательной организацией осуществляет прошедший соответствующую аттестацию директор, назначенный Администрацией Курортного района по предварительному согласованию с Комитетом по образованию в порядке, установленном Правительством Санкт-Петербурга — Карпова Елена Витальевна.
Структурные подразделения в ГБОУ СОШ № 541 отсутствуют.